2018年11月,namocell與cz-biohub(chan zuckerburg biohub)合作,在單細胞測序領(lǐng)域做出了新的嘗試。cz-biohub利用namocell單細胞分離儀分選出目的b細胞,并且將其進行單細胞測序,為抗體新藥的發(fā)現(xiàn)邁出了重要一步。
單細胞rna測序(scrna-seq)作為一種全基因組測序的方式,在單細胞層面廣泛用于確定細胞類型和細胞變異的鑒定。namocell單細胞分離儀可以通過細胞標記cd27以及一種細胞活性的染料,來分選出單個活的b細胞。通過分析分離后的單細胞基因表達情況,對比靜息記憶b細胞,可以從單細胞層面研究基因表達差異。
圖一,人的未成熟記憶b細胞在mcd40l-3t3中批量刺激培養(yǎng)6天。收集細胞并用cd27-pe和celltracker green進行細胞染色。通過namocell單細胞分離儀篩選pe/fitc雙陽性的細胞,單細胞分選至96孔pcr板,分選前pcr板中已預(yù)先鋪好4ul/孔的裂解液。通過cdna合成情況得出單細胞分選的比例為97%。接下來進行vh和vl抗體可變區(qū)域(a,n=8)的特異性基因的擴增或者全轉(zhuǎn)錄組文庫制備;通過二代測序獲取序列,參照靜息記憶b細胞bcr抗體表達資料組進行對比分析(b);b細胞激活基因的差異(c); 整體基因升降規(guī)律(d)。每孔只有一組bcr轉(zhuǎn)錄物,以及通過sanger測序確定的vh和vl質(zhì)量,都充分說明了分入pcr管中的只有一個細胞。
上述實驗數(shù)據(jù)確定了分選出來的單細胞的效率,同時也驗證了通過實驗前期處理和設(shè)門標準得到的確定是激活的b細胞。更重要的是,來自分選后的單細胞的cdna適用于后續(xù)的單細胞轉(zhuǎn)錄組文庫制備和免疫球蛋白輕重鏈可變區(qū)域的全長pcr。namocell單細胞分離儀提供了一種全新的桌面式單細胞分選平臺,并且可以與下游單細胞測序分析無縫對接。